Als in Österreich in der Saison 1911/12 die erste Meisterschaft absolviert wurde, war der damals 30-jährige Torhüter Karl Pekarna längst eine Legende und gerade im Ausland beim FC Bayern München unter Vertrag. Schon im Jahr 1905 wurde er von den Glasgow Rangers verpflichtet und galt damit als der erste Legionär Österreichs. Von 1910 bis 1914 stand er bei den Münchener Bayern unter Vertrag. Erst mit dem Ausbruch des Ersten Weltkriegs verließ er München und kehrte nach Wien zurück und wurde dort sofort bei den Deutschmeistern eingezogen.
Am Dienstag den 16. November 1915 war über jenen Pekarna in der Zeitung zu lesen: „Pekarna, der alte internationale Torwächter der Vienna, der in Wien bei den Deutschmeistern dient, war Sonntag nach langjähriger Pause wieder auf dem grünen Rasen tätig, und zwar für die erste Mannschaft der Viktoria, wobei er noch immer sehr gute Form bewies.“
1916 war er dann wieder für seinen alten Heimatverein Vienna tätig. Am 21. Mai 1916 stand er bei einem Auswärtsspiel der Döblinger in Prag zwischen den Pfosten. Die Vienna musste sich der Slavia vor 4.000 Zuschauern mit 0:5 geschlagen geben. Im Vienna Tor stand mit Karl Pekarna ein alter Bekannter. Der erste Legionär des österreichischen Fußballs, und der erste Legionär vom europäischen Festland auf der britischen Insel. Er befand sich damals bereits im 35. Lebensjahr. Karl Pekarna war natürlich der beste Mann bei der Vienna in diesem Spiel, und hielt das Debakel in Grenzen.
In der Saison 1916/17 schloss sich Karl Pekarna dann dem Zweitligisten Slovan an. Er hatte immer noch nichts von seiner alten Klasse eingebüßt, hieß es. Es war sein Verdienst dass Slovan auf der alten Hohen Warte am 13. Mai 1917 gegen Donaustadt nur 1:2 verlor.
Am 12. August 1917 spielte er vor 1.000 Zuschauern mit Slovan auf der alten Hohen Warte gegen Slavia Prag. Das Spiel endete mit einem 1:9 Debakel. Im Laufe der Herbstsaison übernahm Karl Pekarna auch kurzzeitig das Traineramt seiner Mannschaft. Im Frühjahr 1918 allerdings konzentrierte er sich wieder auf seinen Job als Torwart.
9. Juni 1918: In der zweiten Liga ließ Donaustadt weiter Punkte liegen. Vor 2.000 Zuschauern siegte Slovan gegen den ehemaligen Tabellenführer mit 4:3. Zur Pause führte Slovan bereits mit 4:0. Es soll ein hochklassiges Spiel gewesen sein, schrieb man in der Sport Rundschau. Im Slovan Tor hielt die alte Torhüterlegende Karl Pekarna sehr gut.
13. September 1918: Viele Leserbriefschreiber der Sport Rundschau wünschten sich für das kommende Länderspiel gegen Ungarn die alte Torwartlegende Karl Pekarna zwischen den Pfosten.
30. Oktober 1918: Für ein geplantes Länderspiel gegen Ungarn wurde Slovans Zweitligatormann Karl Pekarna zwischen den Pfosten gefordert. Die Sport Rundschau schrieb: „Der alte Pekarna ist routinierter und namentlich verlässlicher als irgend ein anderer Wiener Torwächter.“
13. April 1919: Admira schaffte mit viel Glück ein 1:1 gegen Slovan. Bei Slovan hielt die alte Tormannlegende Karl Pekarna überragend.
Die Vienna stieg im Sommer 1919 wieder in die oberste Spielklasse auf und begann sich für ihren ehemaligen Torhüter zu interessieren.
17. August 1919: Rudolfshügel siegte in einem Vorbereitungsspiel über Zweitligist Slovan mit 5:0. Rudolfshügel spielte gut, aber nicht so überlegen wie man das vom deutlichen Ergebnis ableiten hätte können. Bei Slovan fehlte Tormannlegende Karl Pekarna. Sein Ersatzmann war nervös und verschuldete viele vermeidbare Treffer.
18. Oktober 1919: Bei der Vienna stand überraschend die alte Torwartlegende Karl Pekarna zwischen den Pfosten. Seine Nominierung könnte mit dem Jubiläum der Vienna zu tun gehabt haben. Sportliche Gründe den bewährten Franz Schubert aus der Startformation zu stellen, gab es wohl keine. Karl Pekarna strahlte mit seiner Routine im Tor eine große Sicherheit bei seinen Vorderleuten aus. Es passt eben alles zusammen für die Vienna, an diesem Tag. Die Vienna siegte gegen den WAC überlegen mit 3:0.
21. Oktober 1919: Über den Einsatz von Karl Pekarna schrieb das Sportblatt: „Das 25-jährige Jubiläum der Vienna war gerade die richtige Gelegenheit zu seinem Wiederauftreten, dem man allerdings nicht ohne Besorgnis entgegensah. Zählt doch Karl Pekarna heute schon 40 Jahre, ein Alter, in dem sich sonst eine gewisse Behäbigkeit und ein Ruhebedürfnis einstellt. Trotzdem zögerte sein Klub nicht, ihn auf den verantwortungsvollen Posten ins Tor zu stellen und er hat recht daran getan. Die Vienna hat ihr Meisterschaftsspiel gegen den WAC dank der Mitwirkung Pekarnas gewonnen. Er bot in der Tat eine Schaustellung, die sehenswürdig war, obgleich sein Spiel anfangs nicht ganz fehlerfrei war und namentlich seine Sicherheit zu wünschen übrig ließ. Technisch war jede seiner Aktionen einwandfrei, noch höher schätzen wir aber seine taktischen Maßnahmen, denen er vor allem die Reinhaltung seines Heiligtums verdankt.“
9. November 1919: Dem jungen Vienna Tormanntalent Franz Schubert gefiel die Heimholung der alten Torhüter Legende Karl Pekarna gar nicht. Er verlor seinen Stammplatz und damit auch die Lust der Vienna anzugehören. Er gab an sich nun einen neuen Verein suchen zu wollen.
16. November 1919: Die Vienna begann mit Karl Pekarna im Tor. Die erfahrene Legende drängte also das hoffnungsvolle Toptalent Franz Schubert aus der Startformation. Das Spiel gegen die damals extrem starken Amateure ging auf eigener Anlage mit 1:3 verloren. Beim 0:3 patzte Karl Pekarna. Er schlug sich den Ball selber in das Tor.
Karl Pekarna spielte nun regelmäßig in der Meisterschaft. Er zeigte allerdings Schwächen und bekam viele vermeidbare Gegentore.
4. Februar 1920: Wiens alte Torhüterlegende Karl Pekarna war bei MTK Budapest im Gespräch. Das Wiener Sporttagblatt schrieb: „Der MTK, der gegenwärtig keinen erstklassigen Tormann hat, hätte sich damit eine wertvolle Kraft gesichert, obwohl Pekarna nicht mehr zu den Jüngsten zählt und wohl kaum noch lange wird spielen können.“
8. Februar 1920: Im Sechzehntefinale verloren die Döblinger beim Sportclub mit 1:3. Bei der Vienna war schon Karl Pekarna nicht mehr im Tor, sondern sein jüngerer Bruder Ludwig Pekarna. Der hielt aber gut und verhinderte eine höhere Niederlage.
18. Februar 1920: Vienna Torhüterlegende Karl Pekarna entschied sich gegen das lukrative Angebot vom MTK Budapest und kehrte wieder nach München zum FC Bayern zurück.
24. März 1920: Karl Pekarna wurde beim FC Bayern München als neuer Torhüter vorgestellt. Nach fast genau 6 Jahren war er nun wieder zwischen den Pfosten der Bayern.
26. April 1920: Wiens Torhüter Legende Karl Pekarna, welche ja kürzlich zum FC Bayern wechselte, hatte schon wieder Sehnsucht nach Wien. Das Sporttagblatt schrieb: „Pekarna, der alte internationale Tormann der Vienna, der kürzlich wieder nach München übersiedelt ist und bei dem Münchner Fußballclub Bayern tätig zu sein, für die er schon vor Jahren gespielt hat, wird, wie uns aus München gemeldet wird, demnächst wieder nach Wien zurückkehren. Pekarna hat in der Vorwoche im Spiel seines Vereine gegen Stuttgart nicht entsprochen und ist auch in finanzieller Beziehung mit seinem Münchner Aufenthalt nicht zufrieden. Gestern war Pekarna bereits nicht mehr in seiner Mannschaft tätig. Er dürfte in nächster Zeit wieder in Wien antreten.“
Doch es sollte in diesem Jahr noch schlimmer kommen für ihn. 1920 starb sein Bruder Ludwig bei einem Spiel der Vienna in Deutschland.
Ein Jahr später versuchte er sich als Trainer im Westen Deutschlands. Er betreute Düren und Alemannia Aachen, kehrte aber bald wieder nach Wien zurück.
Einen zweiten Schicksalsschlag ereilte Karl Pekarna im Jahr 1926, als er, mittlerweile als Lehrer tätig, einen Schlaganfall erlitt, der ihn halbseitig lähmte und in den Rollstuhl zwang. Pekarna konnte seinen Beruf nicht mehr ausüben und zog sich als schwer gezeichneter Mann vollends in sein Privatleben zurück. 1946 verstarb der einstige Fußballheld Karl Pekarna vollkommen vereinsamt und von der Öffentlichkeit vergessen in Wien. Sein Grab befindet sich auf dem Sieveringer Friedhof im 19. Wiener Gemeindebezirk (Gruppe 27, Reihe 8, Nr. 9).
Der deutsche Reichstrainer Otto Nerz würdigte ihn einmal als „den besten Torhüter seiner Zeit“.